納升液相系統(tǒng)因具有非常高的靈敏度，常用于蛋白質(zhì)組學(xué)工作流程中，特別是當(dāng)可用樣品量非常低的時(shí)候。高質(zhì)量的色譜分離對(duì)于蛋白質(zhì)鑒定很重要，因?yàn)榱己玫姆逍魏头蛛x可以減少離子抑制，并允許質(zhì)譜系統(tǒng)采樣盡可能多的特異性肽段。

我們使用K562細(xì)胞裂解液樣品，在1小時(shí)的液相梯度中，使用Zeno SWATH DIA采集質(zhì)譜數(shù)據(jù)，在DIA-NN中采用自建庫(kù)分析，發(fā)現(xiàn)隨著上樣量的增加，蛋白質(zhì)的鑒定數(shù)也增加了（圖1）。在三次重復(fù)實(shí)驗(yàn)中，確定FDR <1%，CV <20%的定量蛋白質(zhì)數(shù)量。當(dāng)柱上進(jìn)樣200 ng樣品時(shí)，鑒定蛋白質(zhì)約6800個(gè)，可定量蛋白質(zhì)約6300個(gè)(92%)。

我們使用DIA-NN軟件對(duì)比了相同Zeno SWATH DIA數(shù)據(jù)在使用自建數(shù)據(jù)庫(kù)和不使用自建庫(kù)時(shí)，蛋白質(zhì)鑒定和定量數(shù)量的區(qū)別。自建數(shù)據(jù)庫(kù)方法中使用的數(shù)據(jù)庫(kù)為之前通過(guò)DDA鑒定建立的人細(xì)胞裂解液數(shù)據(jù)庫(kù)；非自建庫(kù)方法中使用的為從人FASTA文件中生成的理論數(shù)據(jù)庫(kù)。在蛋白質(zhì)和肽段的鑒定和定量中，兩個(gè)方法所得到的結(jié)果非常相似。此外，使用另外一個(gè)理論公共數(shù)據(jù)庫(kù)Pan human數(shù)據(jù)庫(kù)時(shí)，Zeno SWATH DIA數(shù)據(jù)也能得到類(lèi)似的結(jié)果（圖3左上及右上）。

為了進(jìn)一步測(cè)試非自建庫(kù)方法的保真度，對(duì)使用理論數(shù)據(jù)庫(kù)與DDA自建庫(kù)中分別鑒定到的蛋白質(zhì)進(jìn)行對(duì)比。維恩圖(圖3，下)顯示，這些方法可以得到非常接近的結(jié)果，這進(jìn)一步表明使用理論數(shù)據(jù)庫(kù)也可以得到很好的蛋白質(zhì)鑒定和定量分析結(jié)果，將給Zeno SWATH DIA數(shù)據(jù)分析帶來(lái)很大的便利。

圖3說(shuō)明：3個(gè)不同的數(shù)據(jù)庫(kù)（Lib Free，使用在FASTA文件的理論庫(kù)；PHL，Pan human公共數(shù)據(jù)庫(kù)；ZT Lib，根據(jù)Zeno DDA建立的數(shù)據(jù)庫(kù)）。上圖為FDR <1%（柱狀圖透明部分）和CV <20%（柱狀圖實(shí)心部分）時(shí)蛋白質(zhì)鑒定和定量數(shù)量，下圖為使用非自建數(shù)據(jù)庫(kù)方法或自建庫(kù)方法中鑒定蛋白質(zhì)的數(shù)量對(duì)比，二者重合度很高。