在不同進樣量時測試蛋白質鑒定和定量數(shù)量，可以看到在250 pg進樣量時，K562樣品可以鑒定到880個蛋白質( FDR<1%)，其中327個蛋白質CV低于20% ( 圖1)。隨著樣品進樣量的增加，蛋白質鑒定數(shù)量增加，進樣5ng時鑒定出3752個蛋白( FDR<1%)，其中2457個蛋白CV低于20%?？瞻讟悠钒凑障嗤瑮l件進行分析，未檢測到蛋白或多肽，說明工作流程可靠性。

左圖透明柱狀圖代表global FDR<1%時蛋白質鑒定數(shù)量，實心柱狀圖代表FDR <1%和CV <20%的可定量蛋白質數(shù)量。

使用DIA-NN分別進行基于自建數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)處理，以及直接從人類FASTA文件中生成理論數(shù)據(jù)庫的分析?？傮w而言，兩種數(shù)據(jù)處理方法蛋白質鑒定的重疊程度很高，使用自建數(shù)據(jù)庫處理的蛋白質鑒定數(shù)量略多(約4%)（圖2），二者共同鑒定到的蛋白質為819個。

通過比較間隔1個月進樣的2組實驗來評估低進樣量實驗的日間重復性，每次實驗對相同的K562原液進行稀釋，使用Zeno SWATH DIA進行分析?？梢钥吹?，在3種低進樣量下，觀察到相近的蛋白質鑒定數(shù)量（圖3）。

兩組實驗中，每個進樣量樣品均進行3次采樣。數(shù)據(jù)在DIA-NN軟件中使用基于自建數(shù)據(jù)庫的流程進行數(shù)據(jù)處理。透明柱狀圖表示global FDR <1%的蛋白質鑒定數(shù)，實心柱狀圖帶表示FDR <1%和CV <20%的可定量蛋白質數(shù)。